23 февраля 1929 г. – родился в Таллине в независимой Эстонии.
1947 г. – поступил в Ленинградскую духовную семинарию.
1950 г. – возведен в сан священника, назначен настоятелем Богоявленского собора в городе Йыхви Эстонской ССР.
1953 г. – окончил Ленинградскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
1957 г. – настоятель Успенского собора в Тарту.
1958 г. – возведен в сан протоиерея.
1961 г. – пострижен в монахи и назначен епископом Таллинским и Эстонским.
1964 г. – возведен в сан архиепископа и назначен Управляющим делами Московской Патриархии. Предотвратил закрытие советскими властями кафедрального собора в Таллине и Пюхтицкого женского монастыря.
1968 г. – возведен в сан митрополита.
1986 г. – снят с должности управляющего делами Московской Патриархии, назначен митрополитом Ленинградским и Новгородским (одновременно управляющий Таллинской и Эстонской епархией).
1987–1992 гг. – председатель Конференции европейских Церквей.
1988 г. – участник Поместного Собора по случаю празднования 1000-летия Крещения Руси.
1989–1991 гг. – народный депутат СССР.
7 июня 1990 г. – после смерти Патриарха Пимена на Поместном Соборе избран пятнадцатым Патриархом Московским и всея Руси. Больше при Алексии II Поместный Собор не созывался.
Октябрь 1990 г. – поездка в Киев и дарование Украинскому Экзархату Томоса о самостоятельности во внутреннем управлении. Протесты со стороны украинских националистов.
Август 1991 г. – после подавления путча ГКЧП поддержал президента Бориса Ельцина.
1992 г. – Архиерейский Собор во главе с Алексием II отклонил требование митрополита Киевского Филарета (Денисенко) предоставить полную независимость Украинской Православной Церкви.
Октябрь 1993 г. – выдвинул инициативу по мирному урегулированию между сторонниками Верховного Совета и президента Бориса Ельцина. Переговоры проходили в Свято-Даниловом монастыре, однако соглашения достичь не удалось.
1994 г. – призвал к миру в Чечне, выступил с совместным заявлением с муфтием Чечни Мухаммад-Хусейном Алсабековым.
1996 г. – во время президентской кампании недвусмысленно выразил свою поддержку Борису Ельцину.
1999 г. – разослал по епархиям циркуляр, в котором призвал архиереев содействовать введению в школах «Основ православной культуры».
2000 г. – возглавил юбилейный Архиерейский Собор и освятил восстановленный храм Христа Спасителя.
2002 г. – поездка в Астраханскую епархию, в ходе которой у Патриарха случился инсульт. С этого времени Алексий II часто болеет и периодически выезжает на лечение за границу.
17 мая 2007 г. – подписал Акт о каноническом общении с Зарубежной Церковью.
Декабрь 2007 г. – поддержал выдвижение Дмитрия Медведева на президентский пост.
Июнь 2008 г. – возглавил Архиерейский Собор, который постановил лишить сана епископа Диомида (решение вступило в силу 6 октября).
Июль 2008 г. – поездка в Киев на празднование 1020-летия Крещения Руси.
5 декабря 2008 г. – умер в своей резиденции в Переделкино под Москвой.